Universidad e investigación
Servicios de secuenciación de ADN exclusivos para académicos e investigadores
Neoresearch
Neoprospecta es una empresa con origen en el ámbito académico, lo que refuerza nuestro compromiso con el avance de la investigación científica en nuestro ADN.
Mantenemos una política activa de apoyo a la investigación, ofreciendo análisis moleculares y servicios de bioinformática con precios accesibles, entrega ágil y sin complicaciones.
Todo esto respaldado por un equipo técnico altamente capacitado y con acceso a equipos de última generación, garantizando el rigor científico que su experimento requiere.
Nuestras plataformas:
- MiSeq – Illumina
- Next-Seq – Illumina
- Minion – Nanopore Oxford
Nosso WorkFlow
Nuestro servicio incluye: extracción de ADN, preparación de bibliotecas, secuenciación a gran escala y análisis básico de bioinformática para la clasificación taxonómica de los reads generados. Entregamos los datos brutos de la secuenciación (FastQ), la tabla de clasificación (ranktable) y el acceso a la Plataforma Neobiome.
Nuestros análisis
Dúvidas frequentes:
Amplicón:
Objetivo: Identificar todos los organismos presentes en la muestra, utilizando marcadores genéticos.
Tipo de objetivo: Regiones altamente conservadas del ADN (por ejemplo, 16S) que identifican géneros o especies.
Ventajas: Mayor número de objetivos, revelando diferencias entre grupos de muestras.
Técnica: Amplificación de marcadores y secuenciación.
Tipo de resultado: Abundancia relativa de microorganismos.
Enriquecimiento: Depende del ensayo.
Genoma Completo:
Objetivo: Identificar especies/aislados a nivel de genoma completo.
Tipo de objetivo: Todo el genoma del microorganismo.
Ventajas: Enfoque robusto para la identificación y caracterización de aislados.
Técnica: Fragmentación, secuenciación y ensamblaje del genoma.
Tipo de resultado: Caracterización de especie, resistencia a antibióticos, serotipado, clonalidad.
Enriquecimiento: No es necesario.
PCR:
Objetivo: Detectar un organismo específico (por ejemplo, Salmonella).
Tipo de objetivo: Gen o secuencia específica.
Ventajas: Máxima sensibilidad en muestras complejas.
Técnica: PCR en Tiempo Real de marcadores específicos.
Tipo de resultado: Presencia/ausencia del microorganismo objetivo.
Enriquecimiento: Necesario en algunos casos (Listeria, Salmonella, etc.).
En contrataciones puntuales (spot), los datos del perfil microbiológico —herramienta dentro de la Plataforma Neobiome— están disponibles por un período de 6 meses. Los gráficos generados por esta herramienta pueden ser ampliamente utilizados para la evaluación de resultados y generación de conocimiento, y el BIM – Banco de Información de Microorganismos puede ser contratado para el análisis detallado de las características de los microorganismos identificados.
La identificación a nivel de género ocurre cuando múltiples especies presentan similitudes en las secuencias, lo que imposibilita una especificación precisa.
Sin embargo, Neoprospecta ha desarrollado otras pruebas que utilizan primers dirigidos a blancos específicos, aumentando así la resolución a nivel de especie.
La principal ventaja de utilizar primers genéricos como el 16S es que las muestras con microbiota desconocida, es decir, "a ciegas", permiten una caracterización general del conocimiento sobre la composición microbiológica de la muestra, lo cual es fundamental para la toma de decisiones.
Muestras con sospecha previa de blancos bacterianos o fúngicos deben informarse al equipo comercial para seleccionar los ensayos más adecuados según el objetivo de la evaluación.
Neoprospecta utiliza sus propias bases de datos validadas para los análisis de secuenciación, desarrolladas por el equipo de bioinformática a partir de bases públicas como GenBank y SILVA. En estas bases, las secuencias con errores o quimeras son eliminadas.
Para análisis bacterianos (gen 16S rRNA), también están disponibles las bases públicas SILVA y Greengenes, si el cliente así lo solicita. Sin embargo, dichas bases públicas no pasan por la curaduría de Neoprospecta, por lo que la empresa no garantiza la calidad de los resultados cuando estas son utilizadas.
