Universidade e pesquisa
Serviços de sequenciamento de DNA exclusivo para acadêmicos e pesquisadores
Neoresearch
A Neoprospecta é uma empresa que surgiu do meio acadêmico, por isso trazemos o comprometimento com a pesquisa brasileira em nosso DNA.
Seguindo uma política de apoio e incentivo a pesquisa, disponibilizando análises moleculares e serviços de bioinformática com valores acessíveis, de forma rápida e descomplicada.
Tudo isso contando com o apoio de um time de profissionais experientes e equipamentos de ultima geração, entregando o rigor técnico científico que seu experimento precisa.
Nossas plataformas:
- MiSeq – Illumina
- Next-Seq – Illumina
- Minion – Nanopore Oxford
Nosso WorkFlow
Nosso serviço engloba desde extração de DNA, preparo das bibliotecas, sequenciamento em larga escala e análise de bioinformática básica para a classificação taxonômica dos reads gerados. Entregamos os dados brutos do sequenciamento (FastQ), ranktable e o acesso a Plataforma Neobiome.
Nossas análises
Dúvidas frequentes:
Amplicon:
Objetivo: Identificar todos os organismos presentes na amostra, usando marcadores genéticos.
Tipo de alvo: Regiões altamente diversas do DNA (ex. 16S) que identificam gêneros ou espécies.
Vantagens: Maior número de alvos, revelando diferenças entre grupos de amostras.
Técnica: Amplificação de marcador e sequenciamento.
Tipo de resultado: Abundância relativa de micro-organismos.
Enriquecimento: Depende do ensaio.
Genoma Completo:
Objetivo: Identificar espécies/isolados ao nível de genoma completo.
Tipo de alvo: Todo o genoma do micro-organismo.
Vantagens: Metodologia padrão para identificação e caracterização de isolados.
Técnica: Fragmentação, sequenciamento e montagem do genoma.
Tipo de resultado: Caracterização da espécie, resistência a antibióticos, etc.
Enriquecimento: Não necessário.
PCR:
Objetivo: Detectar um organismo específico (ex. Salmonella).
Tipo de alvo: Gene específico da espécie.
Vantagens: Máxima precisão em amostras complexas.
Técnica: PCR em Tempo Real de marcadores específicos.
Tipo de resultado: Presença/ausência do micro-organismo.
Enriquecimento: Necessário em alguns casos (Listeria, Salmonella).
Em contratações pontuais (spot) os dados do perfil microbiológico, ferramenta dentro da Plataforma Neobiome, ficam disponíveis por 6 meses. Os gráficos gerados pela ferramenta podem ser amplamente utilizados para avaliação do resultado e geração de conhecimento e o BIM - banco de informações de microrganismos pode ser contratado para avaliação das características dos microrganismos encontrados.
A identificação ao nível de gênero ocorre quando múltiplas espécies têm similaridades nas sequências, impossibilitando a especificação.
Porém a Neoprospecta desenvolveu outros testes que utilizam primers para alvos específicos que aumentam a resolução a nível de espécie.
A grande vantagem de primers genéricos como o 16S, são amostras com microbiota desconhecida "às cegas" terem um grande direcionamento a nível de conhecimento sobre a composição microbiológica da amostra para tomadas de decisões.
Amostras com desconfiança prévia de alvos bacterianos ou fúngicos, devem ser informadas ao time comercial para seleção dos melhores ensaios para o objetivo da avaliação.
A Neoprospecta utiliza seus próprios bancos de dados validados para análises de sequenciamento, criados pela equipe de bioinformática a partir de bases públicas como GenBank e SILVA. Nessas bases, sequências com erros ou quiméricas são removidas. Para análises de bactérias (gene 16S rRNA), também estão disponíveis os bancos públicos SILVA e Greengenes, caso o cliente solicite. No entanto, os bancos públicos não passam pela curadoria da Neoprospecta, e a empresa não garante a qualidade dos resultados quando utilizados.
